En 1626 el Margrave Christian de Brandeburgo-Kulmbach, con residencia en Bayreuth, lo contrató como sirviente personal y músico. Nada se sabe acerca de sus funciones en el momento en que la vida musical fue oprimida por la Guerra de Treinta Años. Después de 20 años en la corte Sartorius fue instalado en 1646 como oficial (posteriormente mayordomo) con especial nombramiento para los asuntos musicales en el monasterio secularizado de Himmelkron, cerca de Bayreuth. Vivió allí hasta 1671 a más tardar; nuevamente no hay documentos relacionados con sus actividades. En 1655 Sartorius escribió la música fúnebre para el Margrave Christian; fue escrita para cinco voces e instrumentos y publicada como "Fürstlicher Ruhm- und Leich-Text" (Bayreuth, 1655). El nuevo margrave, Georg Albrecht, y su hijo Christian Ernst fueron los dedicatarios de una serie de conciertos sacros para una combinación similar de voces e instrumentos, "Unterschiedlicher teutscher nach der Himmelcron Zielender hoher Fest- und Danck-Andachten Zusammenstimmung"(Nuremberg, 1658).

Esta colección, dispuesta de acuerdo con el calendario litúrgico, de alguna manera refleja los estándares promedio de la música de iglesia alemana en es época: partes vocales que normalmente se mueven en parejas, especialmente en terceras y sextas paralelas; el bajo continuo sirve principalmente como base armónica; y la melodía está por lo general en la parte superior, mientras que la voz de alto ha desaparecido por completo. El uso de instrumentos obbligato, que se tratan de una manera muy diferente de las partes vocales, apunta hacia el nuevo estilo, pero la música de Sartorius no está libre de algunas de las deficiencias que Schütz había previsto en el prefacio de su "Geistliche Chor- Music" (1648): las armonías son aburridas o bruscas, y las faltas técnicas como las relaciones falsas y las quintas y octavas paralelas aparecen con frecuencia.

La técnica de Sartorius sugiere un diletante antes que un compositor bien entrenado. Esto tal vez explica por qué no fue llamado a la corte de Bayreuth cuando el Margrave Christian Ernst reorganizó la Hofkapelle e introdujo la ópera. Su "Andachten", sin embargo, podría ser interpretado por fuerzas moderadas y así encajarían bien las necesidades de los Kantors y profesores en los pequeños pueblos protestantes que trataron de restablecer la música regular a la iglesia en el período posterior a la Guerra de Treinta Años.